In de zestiende eeuw neemt onder sommige gelovigen de kritiek op de rooms-katholieke kerk toe. Ideeën van hervormers vinden bovendien een snelle verspreiding door de uitvinding van de boekdrukkunst. In de zomer van 1566 lopen politieke en godsdienstige spanningen hoog op en in het najaar bestormen hervormingsgezinden katholieke kerken in verschillende steden. Zij slaan de beelden aan stukken en vernielen religieuze voorwerpen. Deze beeldenstorm mondt uit in de Tachtigjarige Oorlog.
In de kerk van Vleuten vindt een beeldenstorm plaats in 1567. Op Sint Marcusdag (25 april) brengen soldaten van Hendrik van Brederode, die op weg zijn van Vianen naar Amsterdam, grote vernielingen aan in de dorpskerk van Vleuten. Waarschijnlijk plunderen zij deze kerk, omdat hun soldij al een tijd niet meer is betaald en zijn zij minder gedreven door religieuze motieven.
Protestanten krijgen de macht
In de jaren tachtig komen de protestanten aan de macht. In 1579 gaan de Vleutense kerk, de kapellen in de Meern en Haarzuilens en alle overige kerkelijke bezittingen over in protestantse handen. Een jaar later wordt het beoefenen van het rooms-katholieke geloof in heel de provincie Utrecht verboden.
Rond Vleuten verloopt de kerkhervorming traag en moeizaam. Pastoors blijven in functie, kerken worden niet direct ontdaan van katholieke uitingen en de lokale boerenbevolking en de adel blijven in meerderheid trouw aan de katholieke kerk. Ook blijft pastoor Henrick van Segvelt zijn diensten houden in een herberg.
Dominee Arnoldus Steenlant van Hulst preekt in De Meern. In naam is hij protestant, maar hij houdt nog steeds rooms-katholieke diensten. Daarnaast staat hij bekend als duivelbezweerder en meent de dominee de macht te bezitten om mensen te kunnen onttoveren. Hij wordt ontslagen en zijn kapel gesloten.
Camphuijsen
Om de bewoners van Vleuten en De Meern te verleiden tot het protestantisme, wordt in 1617 dichter-predikant Dirk Rafaelsz Camphuijsen dominee in Vleuten. Zijn belangrijkste opdracht is het bekeren van de katholieken tot het calvinisme.
Camphuijsen is populair onder de bevolking en hij lijkt te gaan slagen in zijn opdracht. Maar in de jaren 1618-1619 ontstaat ruzie binnen de gereformeerde kerk. Vanwege zijn geloofsstandpunt wordt Camphuijsen ontslagen. Hij kan niet langer in Vleuten blijven en vlucht naar Oost-Friesland (Duitsland). Daar begint hij een boekhandel. Na Camphuijsens vertrek verklaren verschillende gelovigen dat het rooms-katholieke geloof in Vleuten niet lang meer zou hebben bestaan, als hij had mogen blijven.