Nadat de rooms-katholieke kerk is opgeheven, maken de katholieke gelovigen zware tijden door. Officieel zijn Vleuten, De Meern en Haarzuilens protestants, maar de meeste bewoners blijven rooms-katholiek. Zij zijn wel hun kerkgebouwen kwijtgeraakt en voor hun erediensten moeten zij uitwijken naar andere locaties.
De eerste missen na het verbod vinden plaats in een herberg, maar al snel zijn de katholieken ook daar niet langer welkom. Zij zijn aangewezen op zogenaamde schuilkerken in Utrecht of in de huiskapel van verschillende kastelen.
Rond Vleuten bieden katholiek gebleven kasteelheren onderdak aan rondtrekkende priesters. In de huiskapel van het kasteel dragen zij de mis op. De bekendste huiskapel is die van kasteel Den Ham. Hier komen inwoners van Vleuten en omgeving bijeen voor de uitoefening van hun godsdienstplichten.
Tegen het einde van de 17de eeuw neemt de onderdrukking van katholieken af en gedogen de Staten van Utrecht de bouw van schuilkerken. Deze kerken mogen aan de buitenzijdekant niet lijken op een kerkgebouw en ze moeten buiten het dorp staan.
Met steun en toestemming van de heer van Den Ham laat Cornelis van Wijkersloot in 1714 nabij het kasteel Den Ham een kerk bouwen. De kerk staat later bekend als de kerk op ’t Hoog. Met de kerk op ’t Hoog hebben de rooms-katholieken van Vleuten weer een eigen kerkgebouw. Voor sommige bewoners ten zuiden van de Leidse Rijn is de afstand naar ’t Hoog te groot. Zij kerken liever in Utrecht.
Na de inwijding van de nieuwe Willibrordkerk in Vleuten in 1885 worden de oude kerk en pastorie aan ’t Hoog voor afbraak verkocht. Alles wat daar nu nog rest is het in 1828 aangelegde kerkhof langs de Heijcop.