De belangrijkste verschillen tussen Luther en Ccalvijn zijn:
Predestinatie: de goddelijke voorbeschikking.
Dit houdt in dat God al voorafgaand aan ieders geboorte heeft bepaald of iemand na zijn of haar dood naar de hemel of de hel gaat. De manier waarop die persoon zijn leven leidt kan hier dus helemaal niks aan veranderen: het is voorbestemd.
Calvijn geloofde wel in deze Goddelijke voorbeschikking. In tegenstelling tot dLuther die dit niet deed. Luther was van mening dat mensen er zelf voor konden zorgen dat ze in de hemel terecht kwamen, door tijdens hun leven veel in de Bijbel te lezen en oprecht in God te geloven.
De organisatie van de kerk.
Zowel Luther als Calvijn vonden allebei dat de paus niet de juiste leider was van de kerk en dat dit dus moest veranderen.
Luther vond dat in plaats van de paus bisschoppen de kerk moesten leiden. Luther wilde zo veel mogelijk de hiërarchie van de Katholieke Kerk in stand houden. Regeren van boven af.
Calvijn daarentegen vond dat de kerkenraad hier het meest geschikt voor was. Deze kerkenraad moest dan volgens Calvijn bestaan uit mensen van de gelovige elite, zoals doctoren, pastores en ouderlingen. Calvijn was een voorstander van een kerk die van onderuit was opgebouwd, met plaatselijke kerken die veel gezag hadden.
De vorst en het volk.
Luther beweerde dat de vorst gekozen was door God. Hij vond daarom dat niemand in opstand mocht komen tegen de vorst, want dan verzette je je dus eigenlijk ook tegen de keuze van God.
Calvijn vond echter wel dat de bevolking in opstand mocht komen en de vorst mocht afzetten als die zich als een tiran gedroeg en de eer van God niet verdiende. Mede hierdoor werd het calvinisme erg belangrijk in Nederland tijdens de Tachtigjarige Oorlog.
Kerk en staat.
Terwijl Luther geen scheiding tussen kerk en staat wilde, was Calvijn hier wel een voorstander van.
Johannes Calvijn
Kerkehervormer geboren in 1508 in Frankrijk en schrijven van de Publicatie Institutie
In 1536 schrijft de andere grote kerkhervormer Johannes Calvijn zijn Institutio Christianae Religionis beter bekend als de "Institutie". Een boek waarin hij de geloofsleer van het Protestantisme uitvoerig beschrijft. Het werk is vooral bedoeld als handleiding bij het lezen van de Bijbel.
Het is deze kerkhervormer die Nederland en de kerken in Nederland tot op de dag van vandaag het sterkst heeft beïnvloed.