In het Midden-Paleolithicum (200.000 – 5000 v. Chr.) leefden in de Lage Landen Neanderthalers. Zij jaagden met vuistbijlen en stootsperen met stenen punten op mammoeten, oerossen en rendieren. Een mammoetbot met snijsporen, gevonden in Leiderdorp, maakt duidelijk dat dit deel heeft uitgemaakt van hun jachtgebied op de koude toendrasteppe van Doggerland en omgeving. In het Jong-Paleolithicum (35.000 – 10.000 v. Chr.) maakten de Cro-Magnon mens jacht op dezelfde prooien. Rond 10.000 v. Chr. trokken veel prooidieren noordwaarts. De achterblijvende bewoners van die gebieden leerden microlieten (stenen werktuig van 3 x 1 cm.) maken. Hiermee maakten zij jacht op kleinere prooidieren zoals herten, vossen en beren.
Rond 5500 v. Chr. maakte Leiderdorp deel uit van een groot getijdengebied waar zowel de Noordzee als de Rijn flinke invloed had. De overstromingen zullen het gebied onaantrekkelijk hebben gemaakt voor bewoning. Met de grote aantallen watervogels en vissen die je in getijdengebieden verwacht, zou Leiderdorp onderdeel uitgemaakt kunnen hebben van een waterig jachtgebied.
De eerste bewoning in dit gebied zal op de hooggelegen plekken zijn geweest. Op de Voorschotense strandwallen, de zandruggen die ooit door de zee zijn opgeworpen, zijn sporen gevonden van zeer oude bewoning. Restanten van de Vlaardingercultuur uit ongeveer 2000 v. Chr. laten zien dat de moderne mens rond die tijd in deze streek rondwandelde. Op basis van de gevonden artefacten waren deze bewoners wel begonnen met landbouw, maar hielden ze nog veel aan jagen en verzamelen vast. Ook in het huidige Hazerswoude-Rijndijk verder stroomopwaarts langs de Rijn zijn sporen gevonden van deze cultuur. Leiderdorp, net achter de strandwallen en onderdeel van een regelmatig overstromend deltagebied van de Rijn, bestond toen grotendeels uit drassige moerasbossen. Voor bewoning ongeschikt, maar wel waardevol als jachtgebied en voor het opstoken van de vuren van de oudste bewoners van onze streek.