De Van Beverninghkapel heet in eerste instantie niet naar de eigenaar van de kapel, Van Beverningh, maar wordt de ‘IJsere Capelle’ genoemd. In 1668 verkoopt men de kapel aan van De die laat verbouwen en opknappen. In 1674 is de verbouwing van de grafkapel voltooid. Van Beverningh is een heel aanzienlijke man aan het einde van de zeventiende eeuw. Hij is regent in Gouda, diplomaat en thesaürier-generaal van de Republiek der Zeven Verenigde Nederlanden, wat betekent dat hij de financiën van de Republiek beheert.
De ‘IJzeren kapel’ is al heel oud. Volgens de grafboeken was de kapel er al in de vijftiende eeuw, maar wel op een andere plaats, namelijk op de grens van het middenschip en de zijbeuk. Waarschijnlijk is de kapel verloren gegaan bij de brand in 1552 en later herbouwd op de huidige plek. In de Middeleeuwen is er ook een vicarie verbonden aan de grafkapel. Een vicarie is een fonds waaruit men een priester betaalt om tot in lengte van dagen de mis voor te dragen voor de overledenen die begraven liggen in de grafkapel. In 1417 wordt er een tweede vicarie verbonden aan de grafkapel door Jan die Bastaert van Bloys. Zijn naam geeft al blijk van zijn status, hij is een buitenechtelijk kind van Jan van Bloys. Jan van Bloys was een vooraanstaande man, iets wat zijn zoon geholpen heeft een vooraanstaande maatschappelijke positie te bereiken; hij was Heer van der Goude.
Van Beverningh koopt de kapel in 1668. Hij stelt zijn neef Jacob van der Dussen aan als toezichthouder op de kapel. Jacob moet er onder andere op letten dat het onderhoud van de kapel zorgvuldig gedaan wordt. Dat doet hij echter niet. Een eeuw later blijkt dat het onderhoud aan de kapel behoorlijk achterstallig is. De koster meldt dat er schade is aan de muren, waarschijnlijk omdat de kapel op de zachte Goudse veengrond snel verzakt. De erfgenamen van Van Beverningh zijn echter nergens te vinden en daarom stut men de kapel provisorisch, zodat hij niet instort.
In 1792 zijn ook de glas-in-loodramen gerestaureerd. Later, in 1862, vervangt men ze door blank glas. Burgemeester Ulbo J. Mijs meldt in 1929 dat hij glasstukjes heeft gevonden die volgens hem behoren tot de Van Beverninghkapel. In datzelfde jaar brengt men deze glasstukjes nog in de ramen aan.
Vanaf 1795 gaat het hard achteruit met het aanzien van de kapel, men gebruikt hem zelfs als opslagruimte. In 1929 restaureert men de kapel opnieuw en herstelt men het marmeren front boven de kapel.
In 1964 bestemt men de kapel als entree voor toeristen en komt de museumwinkel er in. In 2017 verplaatst men de ingang van de kerk naar de ruimte onder de toren. Vandaag de dag staat de kapel daarom leeg, wachtend op een nieuwe bestemming.
