Het was een ronduit schokkende gebeurtenis: op 5 februari 1795 drongen tien burgers de besloten Statenvergadering van Ridderschap en Steden van Overijssel binnen. De ordeverstoorders eisten als nieuwe vertegenwoordigers van het platteland de zetels van de leden van de Ridderschap op. Onder protest tegen dit ontzet uit "sederd ondenkelijke tijden toegekende privileges en erfrechten", verlieten de edellieden vrijwillig de vergadering. Ze hadden weinig keus: Franse troepen hadden de provincie zojuist bezet. De Oranjegezinde vertegenwoordigers van de steden hadden al plaats gemaakt voor patriotten, handlangers van de Fransen. Na vele eeuwen kwam een einde aan het bestuur van Ridderschap en Steden. Alle welgestelde mannelijke burgers kregen voortaan stemrecht.
Nederlandse eenheidsstaat
De revolutie van 1795 bracht nieuwe bestuurders op het provinciale pluche, maar het oude staatsbestel bleef vooralsnog grotendeels intact. De grondwet van 1798 maakte pas werkelijk korte metten met het Ancien Régime. Naast de afkondiging van gelijke rechten voor alle mensen en de scheiding van Kerk en staat, schafte de grondwet ook de gewestelijke en stedelijke soevereiniteit af. Overijssel ging samen met delen van Drenthe, Friesland en Gelderland op in het Departement van den Ouden IJssel. Hoewel de oude provinciegrenzen naderhand hersteld werden, maakte Overijssel voortaan deel uit van de Nederlandse eenheidsstaat. Een andere vernieuwing was dat het centraal gelegen Zwolle in 1798 tot hoofdstad werd verheven. Voorheen deelde Zwolle die functie met Deventer en Kampen, waarbij de twee laatstgenoemde steden op papier net een streepje voor hadden op hun steeds welvarender concurrent. Onderhand had Zwolle met ruim 12.000 ingezetenen tweemaal zoveel inwoners als Kampen en anderhalf keer zoveel als Deventer. De aanwijzing tot zetel van het provinciale bestuur vormde de bevestiging van deze gewijzigde verhoudingen.
Napoleon Bonaparte
De Franse bezetting eiste intussen een hoge tol. De inwoners van Overijssel ondervonden veel hinder van inkwartiering, vorderingen en roofzucht van de bezetter. De provincie verarmde zienderogen. De nieuwe machthebber van Frankrijk, Napoleon Bonaparte (1769-1821), haalde de politieke teugels in bezet Nederland steeds verder aan. Zo stelde hij in 1805 de geboren Deventenaar Rutger Jan Schimmelpenninck (1761-1825) aan als hoofd of raadpensionaris van het land. Een jaar later benoemde de keizer zijn broer Lodewijk Napoleon (1778-1846) tot koning van Holland. Deze koning maakte in Overijssel furore met een uitgebreide tournee, waarbij hij menig kerkgebouw aan de rooms-katholieke gemeenschap teruggaf. In 1810 lijfde Napoleon het Koninkrijk Holland in bij het Franse keizerrijk, waardoor de bewoners te maken kregen met bureaucratische vernieuwingen als het kadaster, de burgerlijke stand en de gehate algemene dienstplicht. Na de nederlaag van Napoleon bij Leipzig in 1813 en de bevrijding van Nederland door de Kozakken, bleven veel van deze maatregelen van kracht.
Modernisering van het bestuur
In het Koninkrijk der Nederlanden (1815) kreeg Overijssel een deel van zijn autonomie terug. De Staten van Overijssel en zelfs een vorm van standenvertegenwoordiging keerden terug op het politieke toneel. Naast de oude hoofdsteden en de adel was het platteland hierin vertegenwoordigd. Maar van intern geharrewar kon geen sprake meer zijn. Namens de koning hield een gouverneur de bestuurlijke teugels strak in handen. De gouverneurs Berend Hendrik Bentinck tot Buckhorst (1753-1830) en Jacob Hendrik van Rechteren tot Appeltern (1787-1845) wisten vooral op het gebied van de (textiel)industrie, infrastructuur en waterhuishouding grote vooruitgang te boeken. De grondwet van 1848, geesteskind van de geboren Zwollenaar Johan Rudolph Thorbecke (1798-1872), maakte een einde aan de grote macht van de koning en daarmee aan die van de provinciale gouverneurs. De verkiezing van de provinciale staten werd op meer democratische basis gereorganiseerd. Een college van Gedeputeerde Staten onder leiding van een Commissaris des Konings had in het vervolg de dagelijkse leiding. Die opzet vormt tot op heden de grondslag van het provinciale bestuur.