Er verandert iets in de onderlinge kerkelijke verhouding: een gedwongen, stilzwijgende acceptatie
In de tweede helft van de 17e eeuw zijn er in de praktijk veranderingen te bespeuren in de houding van de gereformeerde kerk tegenover de niet-gereformeerden, de dissenters. Na de Reductie is het streven van de gereformeerde kerk, om met behulp van de overheid de hele maatschappij te calviniseren. Vandaar dat gereformeerde predikanten fel ageren tegen restanten van de 'roomse zuurdesem' en andere geloofsgemeenschappen. Na 1650-1670 erkent men echter stilzwijgend dat dit streven is mislukt. Hele bevolkingsgroepen zijn op zijn hoogst in naam gereformeerd en/of blijven luthers, doopsgezind, rooms-katholiek. In de praktijk van alledag betekent dit een andere houding tegenover de dissenter. De gereformeerde kerk gaat zich als een volkskerk beschouwen en geleidelijk ontstaat er zoiets als tolerantie tegenover andersdenkenden. Hoewel dit voor de ene groep eerder en verder gaat dan de andere. Geloofsgemeenschappen krijgen hun eigen voorgangers, organisatie, armenzorg en kerkgebouwen (mits deze niet als zodanig herkenbaar zijn, de zogenaamde 'schuilkerken'). Vooral in de 18e eeuw zet deze ontwikkeling door. Een officiële, wettelijke gelijkwaardigheid komt pas na de Bataafse omwenteling van 1795.
Afbeelding: Lutherse kerk in Groningen, tekening C.H. Peters naar J.F. Tobben, ca. 1915 (Collectie RHC Groninger Archieven 1536-5435)