Na het vertrek van de Romeinen neemt de natuur op veel plaatsen weer bezit van het gebied. Langs de oevers van de Rijn ontstaan tijdens de 6de eeuw enkele Merovingische nederzettingen, die hun hoogtepunt kennen tussen 725 en 750.
Een nederzetting bestaat uit een groep boerderijen. Het woongedeelte van de meeste boerderijen is gericht naar de rivier, de stal ligt aan kant van de weilanden en akkers. Tussen de boerderijen staan voorraadschuren op poten (spiekers) om te voorkomen dat muizen en ander ongedierte bij de voorraden kunnen komen.
De bewoners beschikken over boten en kano’s, waarmee ze over de Rijn varen. Sommige gevonden spullen, zoals munten (sceatta's) en geëmailleerde sieraden, bewijzen dat de bewoners contacten hadden met andere ver weg gelegen plaatsen.
Bij de aanleg van de A2-tunnel bij Leidsche Rijn Centrum is een dergelijke nederzetting blootgelegd met verschillende gebouwen. Daarbij zijn ook duizenden spullen uit de vroege middeleeuwen gevonden, die vertellen hoe de nederzetting eruit zag en hoe de bewoners in die tijd leefden.