In de Romeinse tijd is de Rijn een belangrijke transportader. Bij de bouw van de stadswijk Leidsche Rijn zijn verschillende Romeinse binnenvaartschepen gevonden. Zelfs zoveel dat Leidsche Rijn een van de belangrijkste vindplaatsen van Romeinse schepen is in Europa.
Het bekendste schip is De Meern-1, dat is gevonden in de Balije in 1997. Het schip is rond het jaar 180 per ongeluk gezonken en met zand bedekt. Daardoor heeft het nog zijn oorspronkelijke vorm en zijn spullen van de schipper, zoals gereedschap, een sleutel, sieraden en een paar schoenen, teruggevonden. Het schip van 25 meter en de spullen worden tegenwoordig tentoongesteld in de centrale hal van Castellum Hoge Woerd.
Een ander Romeins schip is De Meern-4. Deze platbodem is in de Romeinse tijd met basaltblokken verzwaard en met opzet tot zinken gebracht om de oever van de rivier te verstevigen. Dit schip is gebouwd rond het jaar 85. Het is tot nu toe het oudste teruggevonden Romeinse vrachtschip in Noordwest-Europa. Over dit schip heeft de Engelse televisie een documentaire gemaakt.
De geleidelijke verzanding van de riviermonding bij Katwijk en het ontstaan van zijtakken van de rivier, zoals de Waal en de Lek, leiden ertoe dat de Rijn ten westen van Utrecht minder belangrijk wordt. Van de ooit belangrijke internationale transportroute rest slechts een riviertje van lokaal belang.
