Een eigenzinnige koers
Door de opstand tegen Spanje verliest de katholieke kerk haar positie als staatskerk. Zij moet plaatsmaken voor aanhangers van de nieuwe, gereformeerde leer. Vanaf 1573 bevoorrecht de Hollandse overheid alleen deze calvinistische kerk. De calvinisten krijgen de beschikking over alle kerkgebouwen en hun dominees worden door de staat betaald. Alleen Gouda ligt van meet af aan dwars. Het liefst ziet het stadsbestuur een brede volkskerk, waarbij zoveel mogelijk Gouwenaars kerkelijk verenigd worden onder het dak van de Sint-Janskerk. Dit is in de geest van Erasmus en Coornhert. Vandaar dat de bestuurders alles in het werk stellen om greep te houden op de kerk. Zij gaan actief op zoek naar dominees die het gezag van de overheid over de kerk accepteren. Bovendien moeten het geen scherpslijpers zijn. Gouda wil geen voorgangers die hel en verdoemenis preken en mensen uitsluiten. De stad zoekt mild-gereformeerde dominees.
Stadsdominee
De calvinistisch-gereformeerden komen aan de zijde van Willem van Oranje als winnaars uit de strijd tegen Spanje en krijgen het kerkelijk alleenrecht. Zij willen zonder uitzondering vast houden aan de leerstukken van hun geloof. Deze zijn vastgelegd in de Heidelbergse Catechismus uit 1563. Een catechismus is een leerboek in de vorm van vragen en antwoorden dat de beginselen van een bepaalde kerk bevat. Gouda eist van predikanten dat zij de Heidelbergse Catechismus niet zullen gebruiken. Het kost veel moeite om dominees te vinden die daartoe bereid zijn. Als ze voor Gouda kiezen krijgen ze het meteen aan de stok met hun synode (kerkenraad). Pas in 1582 wordt met Herman Herbers de ideale stadsdominee gevonden. Deze voormalige monnik is een begenadigd (s)preker en weet duizenden Gouwenaars te boeien en te binden. De gereformeerde synode doet er alles aan om hem weg te krijgen, maar het stadsbestuur laat dit niet toe. Zo kan Herbers een kerk naar Goudse snit opbouwen. Hij krijgt geestverwanten aan zijn zijde, onder wie zijn zoon Dirk. Met hen schrijft hij uiteindelijk ook een eigen leerboekje, de Goudse Catechismus. In een vraag- en antwoordspel worden daarin de fundamenten van het christelijk geloof bondig opgesomd. Een dergelijke systematische geloofsinprenting noemen we een catechismus. Eeuwenlang is dit dé methode om de jeugd klaar te stomen voor het kerklidmaatschap. Nog net voor Herbers’ dood in 1607 rolt de Goudse catechismus bij Jacobus Migoen aan de Vismarkt van de persen. Tegenstanders noemen het Goudse boekje smalend ‘een schoen die iedereen past’.
Bavianen en slijkgeuzen
Vanaf het moment dat in 1609 een Twaalfjarig Bestand met Spanje wordt gesloten, richt Holland de aandacht op onderlinge tegenstellingen in eigen land. Binnen de gereformeerde kerk breekt een fel conflict uit tussen twee theologen, Arminius en Gomarus. Arminius vindt dat de mens over enige vrijheid beschikt, terwijl Gomarus stelt dat God alles vooraf heeft bepaald. Het spreekt voor zich dat Gouda op de hand van Arminius is. Zijn aanhangers, door tegenstanders Bavianen genoemd, stellen in 1610 een remonstrantie op. Mogelijk is dit verzoekschrift in Gouda opgesteld. Hierin vragen zij als remonstranten hulp en bescherming van de overheid. Hun tegenstanders dienen een verweerschrift in en worden daarom contraremonstranten genoemd. Zij willen niet langer gemeenschap houden met de remonstranten en kerken liever in omliggende dorpen. Vanuit Gouda trekt men naar dorpen als Stolwijk en Polsbroek. Omdat zij daarbij vaak over modderige wegen moeten, worden ze uitgescholden voor slijkgeuzen. De strijd loopt hoog op en een burgeroorlog dreigt. Prins Maurits kiest de kant van de contraremonstranten. Hij laat zijn politieke rivaal Oldenbarnevelt, beschermer van de remonstranten, arresteren en ter dood brengen. Met zijn leger dwingt hij remonstrantse stadsbesturen tot aftreden. Een gereformeerde synode in Dordrecht (1618-1619) veroordeelt de remonstranten en gooit ze uit de kerk. Gouda, als belangrijkste remonstrants bolwerk van Holland, komt het laatst aan de beurt. Op 31 oktober 1618 arriveert Maurits op het stadhuis om een politieke zuivering van het stadsbestuur door te voeren. De remonstrantse predikanten Poppius, Thombergen en Herbers jr. worden afgezet. Ondanks hevige protesten wordt de Sint-Janskerk overgedragen aan orthodox-gereformeerden. Het is definitief gedaan met de Goudse vrijheid. Gouda zal zich ontwikkelen tot een stad met vooral behoudende reformatorische kerken.
