Achter het grote zwarte hek links van de toren, de afsluiting van de voormalige grafkapel van de familie Van der Dussen, is vandaag de dag een groot, grijs blok te zien. Het is de archiefkast die dient tot de berging en de conservering van de ontwerptekeningen van de gebrandschilderde ramen. Deze kluis is gebouwd in 1961.
Al in de zestiende eeuw, net na de grote kerkbrand van 1552, heeft het kerkbestuur plannen gemaakt om heel de Sint-Jan van gebrandschilderd glas te voorzien. De eerste ramen, in het koor, worden al vrij snel na de brand geplaatst. De kerkmeesters hebben een vooruitziende blik en kopen daarom steeds niet alleen het raam, maar ook de ontwerptekening van het raam, op ware grootte. Die ontwerptekeningen, of cartons, dienen als bron voor het herstel van het raam. Het gebeurt namelijk regelmatig dat een deel van het raam kapot gaat, door een flinke storm of een hagelbui bijvoorbeeld.
Lange tijd hebben de cartons in een kast in de kerkmeesterskamer gelegen. Ze worden rond een houten stok gewikkeld, vastgebonden met linnen touwen en op elkaar gestapeld. Dit zijn niet de meest ideale omstandigheden om papier te bewaren. Uit de archieven blijkt dat men in de zeventiende eeuw al reparaties aan de cartons moet uitvoeren. Deze reparaties worden gedaan door boekbinders en boekverkopers.
Rond het einde van de negentiende eeuw bergt men de cartons in zinken kokers op, zonder ventilatie. Men zet ze eveneens rechtop, waardoor de scheuren in de randen steeds groter worden. Ventilatie is belangrijk voor het behoud van papier, daarom boort iemand gaatjes in de zinken kokers. Aan de binnenkant van de koker zorgt dat voor een scherp randje, wat nog meer schade aan de cartons veroorzaakt. De kokers werken namelijk als een soort rasp.
In de twintigste eeuw krijgen mensen oog voor de schade die het papier op kan lopen door blootstelling aan verschillende temperaturen en licht. In 1938 wordt de Stichting Fonds Goudse Glazen opgericht, die onder andere zorgdraagt voor de conservering van de cartons. Later stelt men een archivaris aan die erop moet letten dat er bijvoorbeeld geen schimmel bij de cartons kan komen.
In 1967 is de nieuwe kluis droog genoeg en kunnen de cartons erin opgeborgen worden. Elk carton wordt in een nieuwe zinken buis opgeslagen, waar van te voren al gaatjes in gemaakt zijn zodat er geen gaatjes in het papier kunnen komen. Eveneens rolt men de cartons in handgeschept, zuurvrij papier, waardoor ze nog beter bewaard zijn.
Vandaag de dag staat de kluis er nog steeds. Niet meer de archivaris, maar de conservator is verantwoordelijk voor het beheer van de cartons. Speciale machines zorgen ervoor dat in de kluis een constante temperatuur heerst en de luchtvochtigheid laag is. Met enige regelmaat stelt men een carton tentoon in Museum Gouda, maar niet te lang; het potlood is gevoelig voor licht.
Een aantal keer is het bijna fout gegaan met het behoud van de cartons. Gelukkig zijn er door de tijd heen vele mensen voorzichtig met de ontwerptekeningen van de glazen omgegaan. Daardoor kunnen we vandaag de dag nog genieten van dit bijzondere staaltje kunst. Met recht: werelderfgoed.