De glazen van voor de Hervorming en de Alteratie van de Sint-Jan verbeelden vooral religieuze thema’s. Zo tonen de glazen in het koor bijvoorbeeld het leven van Johannes de Doper en van Jezus. In de schenkersrand is veelal een geestelijke of wereldlijke leider afgebeeld. Na de Alteratie kiest het kerkbestuur andere opdrachtgevers, niet langer hoge geestelijken of belangrijke machthebbers, maar steden of staten. Met deze verandering wijzigt ook de thematiek van de glazen. In een aantal glazen brengt men bijvoorbeeld historische thema’s naar voren in plaats van religieuze, zoals in de stedenglazen, de glazen 2, 3, 4, 25 en 26, die allemaal in het middenschip te vinden zijn.
Een voorbeeld van een stedenglas met een verwijzing naar een historische gebeurtenis is ‘Het ontzet van Samaria’. Dit glas is geschonken in 1601 door de stad Leiden. Het is op het eerste gezicht wat bijzonder dat Leiden ervoor kiest om een oud verhaal over de bevrijding van een stad in Israël te kiezen als thema. Leiden is in aan het begin van de zeventiende eeuw nog niet zo heel lang geleden, in 1574, namelijk zelf ontzet van het beleg van de Spanjaarden. Waarom zou het stadsbestuur van Leiden deze keuze gemaakt hebben? Waarschijnlijk wil men een parallel trekken tussen het verhaal van het ontzet van Samaria en het ontzet van Leiden.
Samaria is in 907 voor Christus bevrijdt van de Syriërs. Deze stad ligt in Israël, het land dat in de Bijbel een centrale rol speelt. God heeft, zo blijkt uit het Bijbelboek 2 Koningen 7, deze Syriërs een geluid laten horen van een groot naderend leger en daardoor zijn ze op de vlucht geslagen. De Leidenaren zetten zich op een lijn met de inwoners van Samaria, zo blijkt uit dit glas. In het cartouche, het stukje tekst onderaan het glas, staat dit te lezen: in de 2481 jaar tussen het ontzet van Samaria en het ontzet van Leiden blijkt Gods ‘mogende handt geensins vercort te zyn’. Het glas vertelt dus niet per se veel over het ontzet van Samaria maar laat ons vooral zien hoe Leiden zichzelf ziet. Als een stad met een bijzondere plek in de geschiedenis, bevrijdt door God zelf, als een tweede Samaria.
Niet alle steden kiezen een allegorie om hun grootsheid te onderstrepen. De stad Delft schenkt in 1604 een glas met als thema ‘Het Ontzet van Leiden’. Ook dit lijkt op het eerste gezicht een bijzondere keuze: heeft Delft zelf geen heroïsche historische gebeurtenissen die geschikt zijn voor een glas-in-loodtafereel? De Delftenaren zien het ontzet van Leiden als hun succes. Voor de Leidenaren is er in hun ogen weinig eer aan te beleven. De militaire operatie die leidt tot de bevrijding van Leiden is namelijk door Delft georganiseerd. Willem van Oranje, die in Delft zitting heeft, zet de bevrijdingsactie op vanuit deze stad. Het glas verbeeldt beide steden: links op de voorgrond zien we de torens van Delft, linksachter zien we Leiden, met de Hooglandse en de Pieterskerk.
De stedenglazen vertellen ons dus iets over historische gebeurtenissen, maar geven vooral inzicht in het zelfbeeld van steden. In dat opzicht verschillen de glazen in de Sint-Jan niet veel van elkaar. In de meeste gevallen is het een uiting van respect naar de kerk, en ook een zeer fraai vormgegeven PR-middel voor de schenker.
