Veel beelden zijn voor altijd verloren gegaan in de Reformatie. We kunnen slechts gissen welke kunstwerken de kerken destijds sierden. Maar af en toe duikt er een beeld op. In 1838 bijvoorbeeld vonden herstelwerkzaamheden plaats in de Janskerk. In de trap van het schip naar het koor ontdekte men een beeld van Johannes de Doper. Ondersteboven had dit eeuwenlang dienst gedaan als traptrede. Tegenwoordig hangt het in de Nicolaïkerk aan één van de pilaren.
In 1919 kwamen in de Domkerk tijdens een omvangrijke restauratie twee kunstwerken tevoorschijn achter muren die in 1580 zijn aangebracht bij de zuivering van de kerk. Eeuwenlang waren ze aan het oog onttrokken. Sinds 1986 zijn de gehavende beeldengroep in de kapel van Arkel en de schildering met Margaretha en de draak in de kapel ernaast weer te zien.
In de Pieterskerk kwamen op 20 mei 1965 onder de vloer van de zuidelijke zijbeuk vier unieke romaanse reliëfs uit de twaalfde eeuw tevoorschijn. Na onderzoek zijn ze teruggeplaatst op wat waarschijnlijk hun originele plek was, aan weerszijden van de trap naar het hoogkoor.