Schout en heemraden van Woudenberg voerden in 1648 de schouw over de wateren onder Maarn, Maarsbergen, Leersum en Ginkel.
Het waterschap is opgericht in 1652, na een doorbraak in 1651 van de Rijn- of Grebbedijk. Bij de oprichting werd toestemming verleend om een Slaperdijk aan te leggen, die in geval van een doorbraak van de Grebbedijk het Utrechtse deel van de Gelderse Vallei voor overstroming moest vrijwaren.
Nadat de dijk klaar was werd op 20 december 1653 een reglement voor het beheer en onderhoud van de dijk vastgesteld voor de geërfden van de vier gerechten (communiteiten) Amersfoort, Leusden, Woudenberg en Geerestein en Renswoude.
Een nieuwe overstroming in 1711 leidde na veel moeilijkheden tot een overeenkomst tussen de waterschappen aan de Gelderse kant of bovenkant van de dijk verenigd in de "Exonereerende Landen" en die aan de Utrechtse of binnendijkse of benedendijkse kant.
Na verzakking van de heulen (waterdoorgang onder de weg, oud woord voor duiker) in 1726 kwam een "Nadere Conventie" tot stand.
Ondanks de pogingen in de negentiende eeuw om de problematiek van de afwatering in de Gelderse Vallei definitief op te lossen is de waterstaatkundige organisatie blijven voortbestaan tot in de vorige eeuw. Van pogingen in 1855 en 1879 om de gehele Vallei onder één waterschapsbestuur te brengen kwam niets terecht. Pas in 1948 is het college Slaperdijk opgeheven bij de vorming van het nieuwe waterschap van de Heiligenbergerbeek, na het graven van het Valleikanaal. De waterhuishouding is nu ondergebracht in het Waterschap Vallei en Eem.