Tweederangs burgers
1573 is een zwaar jaar voor de katholieken in Gouda. Het stadsbestuur heeft een jaar eerder de kant van de opstandelingen (geuzen) onder leiding van Willem van Oranje gekozen. De Sint-Janskerk wordt overgedragen aan de gereformeerden. De katholieken verliezen niet alleen hun kerken, maar ook alle kloosters. Zij raken hun vrijheid kwijt, want de Staten van Holland verbieden de openbare uitoefening van het rooms-katholieke geloof. Ook worden zij uitgesloten van banen bij de overheid. Katholieken worden zo tweederangs burgers. Veel priesters en kloosterlingen ontvluchten de stad, uit vrees voor geweld van de geuzen. Enkelen blijven en proberen in het diepste geheim als geestelijken door te werken voor hun geloofsgenoten.
Vijf staties
Het stadsbestuur stelt zich na het vertrek van de geuzen toch tolerant op tegen priesters en weigert de strenge anti-katholieke plakkaten (wetten) van de Staten van Holland uit te voeren. Katholieken kunnen hierdoor in Gouda in de eerste helft van de zeventiende eeuw vijf staties (parochies) stichten. De pastoors moeten elk jaar wel een forse afkoopsom betalen aan de baljuw, om met rust gelaten te worden. Als dit hoofd van de politie weer eens meer geld wil, verstoort hij de misviering om kerkgangers te beboeten. Daarom heeft de schuilkerk van Petrus Purmerent diverse uitgangen, zodat parochianen snel kunnen vluchten als de baljuw binnenstormt.
Drie van de vijf Goudse staties hebben een pastoor. Daarnaast komen er missiepaters die vanuit hun kloosters in de Spaanse Nederlanden naar Gouda worden gestuurd om ‘ketters’ terug te winnen voor het katholieke geloof. Opvallend is dat pastoors en paters hun schuilkerken dicht bij elkaar vestigen. Pastoor Purmerent heeft zijn kerk aan de Hoge Gouwe, gewijd aan Johannes de Doper. Zijn assistent Willem de Swaen begint even verderop statie De Tol. Weer iets verder, waar nu de Gouwekerk staat, sticht pater Gregorius Simpernel de franciscaner of minderboederskerk en om de hoek in de Keizerstraat richten de jezuïeten een eigen kerk in. Daarmee heeft Gouda min of meer een eigen katholiekenkwartier. De vijfde statie, De Braesem, bevindt zich aan de Kleiweg.
Kloppen
Elke priester in Gouda kan in zijn schuilkerk rekenen op de steun van enkele tientallen ongehuwde vrouwen die kloppen of geestelijke dochters worden genoemd. Het hart van deze vrouwen klopt niet voor een man, maar alleen voor Jezus; vandaar hun naam. Omdat er na de reformatie geen kloosters meer in Nederland zijn toegestaan, is dit kloppenfenomeen heel populair. Zij stellen zich onder bescherming van een pastoor of pater en maken vaak deel uit van gewone huishoudens. Een goed voorbeeld is te zien op schilderijen van Jan Steen, waarop zijn zus Swaentje vaak is afgebeeld, die als klop meedoet aan huiselijke gebeurtenissen. Zij heeft lang in Gouda gewoond. Andere kloppen wonen soms bij elkaar in huis, zoals in het Maagdenhuis in de Spieringstraat. Kloppen geven godsdienstonderwijs, verzorgen zieken, helpen de priesters en zorgen met borduurwerk voor fraaie priestergewaden. Dat de Rooms-Katholieke Kerk in Gouda overleeft, is voor een belangrijk deel aan deze vrouwen te danken.
Van staties naar parochies
In de Franse tijd (vanaf 1795) heeft iedereen recht om zijn eigen geloof te hebben. Vanaf dat moment worden de katholieken niet langer achtergesteld. De schuilkerken zijn inmiddels veel te klein en in slechte staat. In 1817 slagen de katholieken uit de Keizersstraat erin de Gasthuiskapel (nu deel van Museum Gouda) terug te krijgen, dankzij pastoor Johannes Sem en met hulp van koning Willem I. Ondanks protesten en tegenwerking vanuit protestantse hoek kunnen Goudse katholieken hierdoor voor het eerst in honderden jaren weer naar een openbare kerk. In 1853 krijgt Nederland weer bisdommen en parochies. In jaren daarna worden overal in het land nieuwe katholieke kerken gebouwd, ook in Gouda. In 1902 wordt de minderbroederkerk aan de Hoge Gouwe vervangen door de Gouwe- of Sint-Jozefkerk. De torenspits wordt niet toevallig hoger dan die van de protestantse Sint-Janskerk. Omdat de Gasthuiskapel al snel te klein is, wordt in 1864 aan de Kleiweg de Onze Lieve Vrouwe-kerk gebouwd, waarmee de binnenstad twee parochiekerken telt. Als in Bloemendaal nieuwbouw aan de horizon verschijnt, wordt de Kleiwegkerk afgestoten en afgebroken. Aan het Aalberseplein en aan de Krugerlaan verrijzen moderne kerkgebouwen, zodat in 1979 ook de Gouwekerk kan worden afgestoten. De kleine Sint-Jan van Petrus Purmerent blijft nog wel in gebruik, maar dan als Oud-Katholieke Kerk. Dit nieuwe kerkgenootschap ontstaat na een kerkscheuring in de achttiende eeuw.
