Een nieuwe route
In de dertiende eeuw geeft de waterhuishouding van het Hollandse veengebied steeds meer problemen. Maatregelen zijn nodig om het overtollige water af te kunnen voeren. De Hollandse graven stellen hiertoe (hoog)heemraadschappen aan, die door de aanleg van afvoerkanalen, dijken en (spui)sluizen de regio droog moeten houden. In de eerste helft van de dertiende eeuw worden om deze reden de Oude Rijn en de Gouwe met elkaar verbonden. Voor Gouda heeft dit grote gevolgen, want er ontstaat zo een belangrijke noord-zuid vaarverbinding door Holland. Schippers die varen tussen Hamburg en Lübeck in het noorden en Gent en Brugge in het zuiden kiezen maar wat graag voor deze veilige route ‘binnen duunen’.
De haven
Ter bevordering van de scheepvaart laat Dirk van der Goude rond 1250 de haven graven. Deze rechte en brede vaarweg dient ter vervanging van de slecht bevaarbare oude riviermonding, die oorspronkelijk iets oostelijker (tussen de Haven en de Spieringstraat) lag. Tegelijkertijd komt er een keersluis met een hefdeur om het achterland tegen hoogwater op de Hollandsche IJssel te beschermen. Deze Binnen- of Grote sluis (later Donkere Sluis genaamd) is belangrijk voor de ontwikkeling van Gouda (zie afbeeldingen Donkere Sluis). Sluisgelden leveren het plaatsje inkomsten op, de verbindingen van de stad verbeteren en de wachttijden voor de sluis zorgen ervoor dat schippers veel tijd doorbrengen in de stad. Zij geven geld uit en dat trekt weer nieuwe mensen aan, waardoor het inwonertal van het plaatsje snel groeit.
De ‘Gecostumeerde Vaart'
Kort na het ontstaan van de nieuwe vaarverbinding stelt de graaf van Holland de route via Gouda verplicht. De stad krijgt hiermee een monopolie op de binnenvaart. Alternatieve routes zijn niet langer toegestaan. Om dit te benadrukken verplaatst de graaf rond 1300 zijn tolhuis van Moordrecht naar Gouda (zie afbeeldingen Tolhuis). Op deze manier profiteert ook hij van de scheepvaart door de stad. Vanwege de vele tol-, haven- en sluisgelden en de strakke regelgeving wordt de doorvaart door Holland ook wel ‘De Gecostumeerde Vaart’ genoemd (zie afbeelding Gecostumeerde Vaart). Deze term is mogelijk afgeleid van het Engelse customs (belastingen) of van het Franse coutumes (regels). Deze verplichtingen schrikken de schippers echter niet af, want het aantal passages door de Goudse sluis groeit snel. Met de toename van het aantal schepen lopen echter ook de wachttijden op. Daarom is al rond 1436 de Haven tot aan de Grote Sluis verbreed en 400 meter verder in de Gouwe een tweede sluisdeur gebouwd: het Amsterdams Verlaat. Nog weer later volgen ook bij de havenmond sluisdeuren, waardoor een lange schutsluis ontstaat (zie afbeelding De sluis van en naar de IJssel). Hiermee kunnen meer en sneller schepen door de stad worden gelaten. In 1540 varen er meer dan 7000 schepen door de binnenstad (zie afbeelding Schip afgemeerd in de Gouwe).
De Statensluis of Mallegatsluis
Tijdens het beleg van Leiden in de beginfase van de Tachtigjarige Oorlog vraagt stadhouder Willem van Oranje het Goudse stadsbestuur een bredere sluis aan te leggen net buiten de stad. De oorlogsschepen van de prins kunnen zich dan sneller verplaatsen. Het Goudse stadsbestuur verzet zich tegen dit plan, uit vrees de lucratieve scheepvaart door het stadscentrum te verliezen. Na een lang conflict en veel druk vanuit het landsbestuur gaat de stad alsnog akkoord. In 1577 is de nieuwe sluis gereed: de Statensluis, die later Mallegatsluis wordt genoemd (zie afbeelding Mallegatsluis). Aanvankelijk mogen alleen militaire schepen van de sluis gebruikmaken. Vanaf 1598 is dit ook koopvaardijschepen toegestaan, maar alleen onder voorwaarde dat ze minimaal 36 uur voor de stad blijven liggen, en pas na betaling van extra ‘consentgeld’. In het midden van de zeventiende eeuw passeren jaarlijks meer dan 25.000 schepen de oude en nieuwe Goudse sluis.