Drie Kapellen
De kerk was het centrum van een grote parochie die het hele ambacht Voorschoten, inclusief Veur en de ambachten Stompwijk en Wilsveen omvatte. Vanwege de uitgestrektheid van de parochie waren er drie buitenkapellen, zoals blijkt uit 14e-eeuwse archiefstukken. In dezelfde tijd werd een nieuwe, stenen kerk gebouwd. Bekend is dat begin 16e eeuw diverse verbouwingen aan de kerk plaatsvonden, die daarbij is vergroot en verfraaid. Een tegenslag daarbij was dat in 1539 de toren vanwege bouwvalligheid instortte en opnieuw moest worden opgetrokken.
Veurkapel
De bekendste buitenkapel, de Veurkapel, lag ten zuiden van de dorpskerk op een heuvel in het Schakenbosch (nu Leidschendam). De aan St. Rumoldus gewijde kapel werd al in 1266 vermeld, en na de reformatie in 1591 afgebroken. Op de voormalige locatie van deze kapel, ontstond na het midden van de 17e eeuw een aan de heilige Sint Agatha gewijd bedevaartoord. Sinds 1795 bevindt zich er het St. Agatha kerkhof.
Nicolaaskapel
Van de tweede buitenkapel is slechts één vermelding bekend, en wel in het testament van Willem van der Woerd uit 1329. Hij laat daarin onder meer vijf schelling (een zilveren, middeleeuwse munt) na aan de kapel van St. Nicolaas aan de Wadding. Waarschijnlijk is de kapel kort daarna opgeheven en naar de kerk verplaatst, want een archiefstuk uit 1340 vermeldt alleen nog een St. Nicolaaskapel in de kerk van Voorschoten. Waar de kapel precies heeft gestaan is onzeker.
De naam Wadding komt al voor in de lijst met bezittingen van de St. Maartenskerk uit circa 920. In die tijd stond de Rijn nog in open verbinding met de zee en was nog niet bedijkt. Bij hoge vloed kon de zee dus nog vrijelijk naar binnen dringen, en bij vloed het laaggelegen land naast de rivier overstromen. De naam Wadding geeft aan dat – zoals ook bij de Waddenzee – het gebied periodiek onder water liep en weer droogviel.
De St. Nicolaaskapel stond mogelijk nabij of op dezelfde plaats als het voormalige St. Nicolaashuisje, op de kruising van de Hofweg en Leidseweg. Op deze plaats eindigt de strandwal waarop Voorschoten gelegen is. In de 9e eeuw bestond de Leidseweg nog niet, en moest men de verdere reis naar het noorden misschien nog per schip voortzetten. Dit zou in ieder geval verklaren dat de kapel was toegewijd aan St. Nicolaas, de patroonheilige van de zeevarenden. In latere tijd kon men via de Hofweg naar Zoeterwoude reizen en daar de Rijn oversteken. Pas toen aan het eind van de 12e eeuw de Rijnmonding bij Katwijk was dichtgeslibd werd de Rijn bedijkt, en kon men via de Leidseweg en de Rijndijk de bruggen bij de burcht op het Waardeiland gebruiken om de rivier over te steken.
Mariakapel
De derde buitenkapel lag in het oosten, aan de andere zijde van de Vliet in Wilsveen, en was gewijd aan de Heilige Maagd en de abdis Regenfridus. De oudste vermelding dateert uit 1395. In 1581 werd de kapel afgebroken, om drie jaar later te worden vervangen door een hervormde kerk. De locatie bleef echter tot in de vroege 17e eeuw een clandestiene plaats voor Mariaverering.
