De atletiekvereniging Fortuna komt in 1948 voort uit voetbalvereniging Fortuna. Een belangrijke reden om binnen die vereniging een atletiekafdeling in het leven te roepen is, dat de voetbalcompetitie maar tot april duurt, waardoor veel voetballers vanaf dat moment niet meer in actie komen. Een aantal wil toch graag in conditie blijven, dus wat is beter dan ‘de moeder der sporten’ te beoefenen. Een andere reden is, dat ook de echtgenotes en vriendinnen van de spelers graag willen sporten. Hierbij zullen destijds zeker ook de prestaties van Fanny Blankers-Koen tijdens de Olympische Spelen een rol gespeeld hebben. Daarnaast speelt mee, dat ook voetbalvereniging V.F.C. al een atletiekafdeling had.
In mei 1948 wordt de afdeling atletiek opgegeven aan de Atletiekunie met een veertigtal heren en dames als lid. Tijdens de officiële oprichtingsvergadering op 11 juni, worden al tachtig leden geteld.
Eerst wordt er getraind op de voetbalvelden van Fortuna en in het Oranjepark. Er doet zich dan al direct een probleem voor, want bij de voetbalvereniging is men uitsluitend gericht op mannelijke leden en een dameskleedkamer ontbreekt. De oplossing is dat het bestuur de bestuurskamer en het scheidsrechterkleedlokaal ter beschikking stelt.
In mei 1964 krijgt de vereniging een eigen sportcomplex aan de Zuidbuurtseweg.
Sinds september 2005 beschikt de atletiekvereniging over een eigen atletiekbaan aan de rand van de Broekpolder. Waar bij het aanleggen van de baan geen rekening mee gehouden is, is dat hij gebouwd is op een vuilstortplaats. Het gevolg hiervan is dat er ondanks herstelwerk verzakkingen blijven optreden. Als structurele oplossing streeft de vereniging nu naar een baan en een clubgebouw op een andere locatie.
De vereniging, die inmiddels ruim 850 leden telt, houdt in het sporttenue de oorspronkelijke Fortunakleuren geel en rood nog steeds in ere.