Na de oorlog werd hij in februari 1946 door paus Pius XII tot kardinaal benoemd, de eerste keer dat 'Utrecht' een kardinaal kreeg sinds de Reformatie. Hij kreeg als titelkerk de basiliek van San Clemente toegewezen. Dat was een hoffelijk gebaar van Rome want Clemens is de patroonheilige van Ameland, waar de kardinaal geboren was. De Jong was niet in staat het Consistorie in Rome bij te wonen; pas in 1951 reisde hij naar Castel Gandolfo om alsnog van Pius XII zijn rode hoed te ontvangen.
In 1951 moest hij vanwege zijn zwakke gezondheid zich terugtrekken uit het bestuur van het aartsbisdom. Tot zijn coadjutor werd Bernardus Alfrink benoemd, niet Geerdinck, aan wie De Jong de voorkeur gaf. De Jong trok zich terug in Amersfoort, het klooster van de zusters waar hij lang geleden conrector was geweest en waar hij in 1955 overleed. In 1953 sprak hij nog wel - via een bandopname - de geliefde gelovigen toe, ter gelegenheid van de manifestatie Honderd jaar Kromstaf. De ontroerde aanwezigen in het Stadion Galgenwaard begroetten deze toespraak met het langdurig scanderen van Lang leve de Kardinaal!. Alfrink volgde hem op als aartsbisschop.
Kardinaal De Jong was ridder-grootkruis in de Orde van de Nederlandse Leeuw; deze hoogste civiele Nederlandse onderscheiding viel behalve aan zijn opvolger kardinaal Alfrink sindsdien vrijwel uitsluitend toe aan leden van de koninklijke familie, staatshoofden, Willem Drees, Kofi Annan, Konrad Adenauer, Winston Churchill, Ruud Lubbers en Joseph Luns.
Bron: Wikipedia