In 1746 is de nieuwe toren klaar. Er is dan geen geld meer voor een orgel en men heeft er op dat moment ook geen behoefte aan. Maar dat verandert. Mede omdat de voorzanger niet voldoet, besluit men uiteindelijk toch een tweedehands orgel aan te schaffen.
Via een advertentie in de Staatscourant verneemt men in 1819 van de verkoop van het orgel van de voormalige Abdij Baudeloo in Gent. Het orgel is in 1763 gebouwd door Pieter van Peteghem.
Een typisch Vlaams orgel met een klassiek Frans karakter. In 1765 verbaasde de dan pas negenjarige Wolfgang Amadeus Mozart de monniken van de abdij met zijn wonderschone orgelspel.
Abraham Meer, een orgelbouwer uit Utrecht plaatst het orgel en 1823 is het klaar. Het is dan niet meer het oorspronkelijke Van Peteghemorgel, want een aantal zaken is omgebouwd of veranderd. Het onderhoud laat in de loop van de jaren te wensen over. Alleen het hoognodige wordt gedaan. Men heeft weinig weet van het unieke van het orgel. Pas in 1965 begint men met de voorbereiding van een grondige restauratie.
Van 1971 tot 1973 wordt er aan het orgel gewerkt en op 23 november 1973 kan het weer bespeeld worden.
Nu er geen erediensten meer in de Grote Kerk worden gehouden, zet men het orgel uitsluitend nog in voor avond- en lunchconcerten.