De ondertekening van de Unie ging in Utrecht niet zonder slag of stoot. Bij een aantal leden in de Staten van Utrecht bestond grote weerstand. De stad Utrecht had zich vanaf het begin een groot voorstander getoond en ook de ridderschap ging akkoord, maar Amersfoort en veel van de kleinere steden waren tegen. En dan waren er nog de afgevaardigden van de vijf Utrechtse kapittels, die samen de geestelijkheid in de Staten vertegenwoordigden. Daarvan waren alleen die van de Dom en St. Jan voor. De drie andere, de kapittels van Oudmunster (ook wel St. Salvator), St. Pieter en St. Marie, hadden ernstige bezwaren. Zij wensten geen afbreuk te doen aan de uitgangspunten van de Pacificatie van Gent, en zeker niet op het punt van de algemene religievrede. De ruimte die het Unieverdrag bood voor een verdere verspreiding van het calvinisme, zagen zij als een grote bedreiging voor de katholieke kerk in het algemeen en de geestelijkheid in het bijzonder.
Onder aanvoering van Jacob Cuynretorff, een van de voormannen van Oudmunster en een ervaren politicus, werkten zij aan een tegenvoorstel, ook wel bekend als de Contra-Unie. Toen het stadsbestuur ontdekte dat hier in het geheim aan werd gewerkt, riepen zij Cuynretorff ter verantwoording naar het stadhuis. Op beschuldiging van samenzwering werd hij in het stadhuis gevangen gezet. Pas nadat alle kapittels het Unieverdrag hadden getekend en Oudmunster een boete van 300 gulden had betaald kwam hij weer op vrije voeten.
Intussen had het stadsbestuur de kapittels ook gedwongen akkoord te gaan met een regeling voor de religievrede in de stad. Daarbij werd de kapittels de vrijstelling van accijnsbetaling ontnomen die zij altijd hadden genoten. Tevens werd bepaald dat alle geestelijken in de stad voortaan onderworpen waren aan uitspraken van het stedelijk gerecht. Enkele maanden later viel het besluit dat nieuwe leden van de kapittels alleen nog door de Staten mochten worden benoemd en alleen protestanten daarvoor nog in aanmerking kwamen. Wel behielden deze gereformeerde kapittels nog tot 1795 hun stem in het bestuur van de Staten.