Aanleiding voor de Unie van Utrecht vormde de hernieuwde steun voor koning Filips II van een aantal overwegend katholieke gewesten in het zuiden. Die sloten op 6 januari 1579 een eigen alliantie: de Unie van Atrecht.
Het eerste ontwerp voor de Unie van Utrecht kwam al in augustus 1578 tot stand in opdracht van Willem van Oranje, die in augustus 1577 ook in het gewest Utrecht opnieuw als stadhouder was aangesteld. Maar het bijeenbrengen van alle partijen liet hij over aan zijn broer Jan van Nassau, die in juni stadhouder van Gelderland was geworden. De stad en de Staten van Utrecht waren vanaf het begin bij de onderhandelingen betrokken. De eerste ontwerptekst was van de hand van Floris Thin, advocaat en pensionaris van de Staten van Utrecht. Aan zijn tekst werd in de maanden daarna nog flink gesleuteld, maar op 10 december bereikte men in Utrecht overeenstemming over een versie die ter ondertekening kon worden voorgelegd.
Op 10 januari kwamen de afgevaardigden van alle betrokken gewesten daarvoor in Utrecht bijeen. Holland wilde graag tekenen maar in Utrecht en Gelderland was lang niet iedereen enthousiast. Onder druk van de uit het zuiden oprukkende Spaanse troepen besloten de vertegenwoordigers twee weken later toch hun handtekening te zetten. Eindelijk kon de Unie van Utrecht op 29 januari 1579 officieel worden afgekondigd om kort daarna ook in druk te worden verspreid.
Later in 1579 en 1580 zouden ook de andere gewesten boven de rivieren toetreden. De calvinistische stad Gent sloot zich al op 4 februari aan en weldra volgden ook Breda, Antwerpen, Brugge, Ieper en Lier. Willem van Oranje toonde zich aanvankelijk teleurgesteld. Hij vond dat de Unie teveel ruimte liet aan de calvinisten, die in Jan van Nassau een grote medestander hadden gevonden. Zelf had hij liever een unie op basis van algemene religievrede gezien maar omdat hij de steun van de calvinisten niet kon missen verklaarde ook hij zich op 3 mei toch akkoord.