In de ontgonnen gebieden is de waterstand een belangrijk thema. Voor de afvoer van overtollig water zijn tijdens de grootschalige ontginningen watergangen gegraven die onderhouden moeten worden. Hiervoor organiseren polderbewoners zich vanaf de 13de eeuw in tientallen waterschappen. Elk waterschap schouwt de watergangen en de kaden binnen haar grenzen en draagt zorg voor de dijken die water en overstromingen moeten tegenhouden.
De twee belangrijkste waterschappen in het gebied, het Grootwaterschap Heijcop, genaamd de Lange Vliet, en het Grootwaterschap Bijleveld kopen beide het recht om het water elders te mogen lozen. Aanvankelijk stroomt overtollig uit zichzelf via sloten en weteringen weg via Hollandse IJssel, maar naar mate de bodem zakt, wordt dat steeds moeilijker. Lozing van het water op de Oude Rijn is bezwaarlijk voor de westelijker gelegen polders, zodat naar andere oplossingen moet worden gezocht.
Het Grootwaterschap Heijcop verwerft het recht overtollig water te lozen op de Vecht. Het Grootwaterschap Bijleveld mag dat doen op de Amstel. Om het polderwater naar die rivieren te krijgen, graaft elk van deze waterschappen een kanaal naar het noorden. Deze kanalen, de Heijcop (1385) en de Bijleveld (1413), liggen kilometers lang, parallel aan elkaar. De Heijcop loop naar de Vecht; de Bijleveld naar de Amstel.
Vanaf de 19de eeuw zullen de eerste waterschappen met elkaar fuseren, waarna in de 20ste eeuw het aantal snel afneemt. Tegenwoordig maakt heel Leidsche Rijn deel uit van het Hoogheemraadschap Stichtse Rijnlanden.
