Tijdens de Tweede Wereldoorlog ontstond er een conflict binnen de gereformeerde kerk. De inhoudelijke discussie, onder meer over de waarde van de doop, werd al snel overschaduwd door de strijd wie de autoriteit binnen de kerkorganisatie had. Met name artikel 31 van de Kerkorde gaf aanleiding tot verschillende uitleg. De synode van de kerk vond dat zij een bindende beslissing kon nemen, terwijl sommigen de eindverantwoordelijkheid bij de lokale kerk en de lokale voorgangers legden. Centraal stond de omschrijving dat een kwestie kon worden voorgelegd aan een 'meerdere vergadering'. Een aantal predikanten en theologen vatten dat 'meerdere' op als 'hoger', terwijl anderen het slechts zagen als een manier om de kwestie aan meer mensen voor te leggen. Een hiërarchisch verschil wensten ze niet te erkennen.
Ook in Amersfoort besloten predikanten als Benne Holwerda zich niet bij besluiten van de synode neer te leggen. Om een kerkscheuring te voorkomen werd in Amersfoort besloten het conflict tot na de oorlog uit te stellen. In 1945 ontstond echter toch een scheuring en kwam er een 'vrijgemaakte' gereformeerde kerk. De kerkgebouwen werden in overleg verdeeld, maar het theologisch conflict werd op papier op harde toon uitgevochten. Verzoeningspogingen na de bevrijding liepen tot niets uit. De Amersfoortse vrijgemaakte kerk maakte vervolgens een grote bloei door en overschaduwt tegenwoordig de synodalen. Eind jaren zestig vond opnieuw een afscheiding plaats, toen de Nederlands Gereformeerde kerk ontstond, onder meer in Bunschoten. De discussie over de vrijmaking gaat nog steeds voort.