Spinoza laat zich al vroeg kritisch uit over traditionele joodse standpunten. De joodse Bijbel, de Thora, is in zijn ogen een product van de menselijke fantasie. Ook wil hij zich niet houden aan de strenge uiterlijke eisen en voorschriften van de joodse traditie. Op 23-jarige leeftijd wordt hij verstoten uit de joodse gemeenschap in Amsterdam. Daardoor mag zelfs zijn familie niet meer met hem omgaan.
Hij vertrekt noodgedwongen uit Amsterdam naar Rijnsburg en verhuist later naar Den Haag. Hij verdient de kost met het slijpen van brillenglazen en lenzen voor microscopen, onder meer voor Christiaan Huygens.
In Den Haag woont Spinoza eerst korte tijd aan de Veerkade, maar al snel verhuist hij naar de Paviljoensgracht, waar hij tot zijn dood in 1677 op 44 jarige leeftijd woont. Spinoza woonde op de Paviljoensgracht op nr. 72-74. Hij woont in bij de familie van de kunstschilder Van Speyk.
Het huis werd in 1646 gebouwd in opdracht van de schilder Jan van Goyen (1596-1656), wiens familie het na zijn overlijden verkocht aan Havick Steen, de vader van Jan Steen.
Baruch de Spinoza schreef hier zijn beroemdste werken. Hij schrijft aan de Ethica (voluit Ethica Ordine Geometrico Demonstrata, dat is “op wiskundige wijze uiteengezet”), zijn meesterwerk, waarin hij op een wiskundige manier aantoont dat God overal aanwezig is: in de natuur, de mensen, de dieren en het heelal. De Ethica is opgezet als een meetkundig systeem met definities, axioma’s en stellingen en geeft daarmee de indruk dat de bewijsvoering voor zijn theorie objectief is. In een ander beroemd werk, de Tractatus Theologico-Politicus pleitte Spinoza voor vrijheid van meningsuiting en geeft hij aan dat democratie de beste staatsvorm is.
Ook toont hij wetenschappelijk aan dat er talloze tegenstrijdigheden en aannames staan in de bijbel, waardoor deze niet een leidend beginsel kan zijn voor echte kennis en waarheid. Het ware geloof in God is voor Spinoza de intellectuele liefde tot God, de enige substantie die alle dingen omvat. De Bijbel is alleen heilig en goddelijk wanneer dit boek mensen inspireert door ernaar te handelen. De belangrijkste woorden van Jezus hierover staan in het Nieuwe Testament (Marcus 12 vers 30 en 31): ‘heb de Heer, uw God, lief met heel uw hart en met heel uw ziel en met heel uw verstand en met heel uw kracht… en Heb uw naaste lief als uzelf.’
Zijn levenswerk ‘Ehica Ordine Geometrico Demonstrata’ voltooit hij op de Paviljoensgracht. Het wordt na zijn dood in 1677 door zijn vrienden uitgegeven. Het oudste manuscript ‘De Ethica’ bevindt zich in de collectie oude manuscripten uit het Vaticaan en is in 2010 bij toeval teruggevonden. Het bewuste manuscript is een kopie van het origineel, overgeschreven door Pieter van Gent, een vertrouweling van Spinoza (vermoedelijk in 1674 of 1675). Spinoza vernietigde het origineel uit angst. In Rome wist een spion van de Inquisitie Van Gent te verleiden deze ‘gevaarlijke’ tekst bij hem in bewaring te geven.
Samen met René Descartes (1596-1650) behoort Spinoza tot de belangrijkste filosofen van het rationalisme.
Spinoza maakt de opgelopen spanningen in het rampjaar 1672 van nabij mee. Het is het einde van de Gouden Eeuw. Het volk is redeloos, de regering radeloos, en het land reddeloos. Er is een economische crisis, de Republiek wordt van allerlei kanten binnengevallen en het land is bijna bankroet. Raadspensionaris Johan de Witt en zijn broer Cornelis de Witt worden in deze oplopende spanningen vermoord door een groep Oranjegezinde burgers. Spinoza is diep geschokt en wil een poster ophangen met de tekst ’ultimi barbarorum’: jullie zijn de ergste barbaren. Hij wordt tegengehouden door zijn huisbaas Van Speyk.
Spinoza’s denken is van wereldbetekenis. Het is daarom niet verwonderlijk dat een van de allereerste standbeelden in Den Haag dat van Baruch de Spinoza was. Voor het huis staat op het middenpad onder de bomen dit monument voor Spinoza, zittend in denkhouding. Het is in 1880 gemaakt door de beeldhouwer F. Hexamer.
Het belang van Spinoza is evident. Spinoza is opgenomen in de Nederlandse canon (vernieuwd juni 2020). Hij is heden ten dage nog steeds van belang vanwege zijn levensbeschouwing die bijdraagt aan individueel geluk en een aangename samenleving. Hij heeft steeds opnieuw wetenschappers en kunstenaars beïnvloed en heeft een belangrijke bijdrage geleverd aan de ontwikkeling van de Verlichting en grote invloed uitgeoefend op denkers als Kant, Hegel, Nietsche, Marx, Freud en Einstein.
In het huis op de Paviljoensgracht is een collectie boeken ondergebracht. In de studiezaal kunnen geïnteresseerden en onderzoekers de boeken bestuderen. Ook zijn er vitrinekasten met interessante wetenswaardigheden. De Vereniging Het Spinoza beheert tevens een museum in Rijnsburg dat reguliere openingstijden kent en waar de collectie van de vereniging te zien is.
Benedictus werd door zijn christelijke vrienden begraven in de Nieuwe Kerk aan het Spui in Den Haag. Het graf is geruimd toen de betalingen stopten en zijn gebeente werd ergens achter de kerk herbegraven, waarschijnlijk in een massagraf. Er is nu een gedenkteken achter de kerk.